Hands-on školení MetaCentra pro studenty Bioinformatiky
Dne 4. listopadu 2025 proběhlo na Fakultě informatiky úvodní hands-on školení Metacentra, zaměřené především na studenty bioinformatiky.
PDBCharges byl publikován v článku
Protein Data Bank (PDB) je největší databáze experimentálně určených proteinových struktur, která obsahuje více než 230 000 proteinů. Chemická reaktivita proteinů je založena na rozložení elektronové hustoty, které se obvykle aproximuje pomocí parciálních atomových nábojů. Vzhledem k velikosti a vysoké variabilitě však dosud neexistoval univerzální a přesný nástroj určující parciální atomové náboje těchto struktur. Z tohoto důvodu představujeme webovou aplikaci PDBCharges, nástroj poskytující parciální atomové náboje pro proteinové struktury z PDB.
Náboje jsou vypočteny semiempirickou kvantově mechanickou metodou GFN1-xTB, která reprodukuje náboje PBE0/TZVP/CM5. Před výpočtem nábojů jsou do struktury přidány vodíky pomocí programů Hydride a MoleculeKit při pH 7,2. Polohy přidaných vodíků jsou rovněž optimalizovány pomocí silového pole GFN-FF.
PDBCharges byl nedávno publikován v čísle webového serveru časopisu Nucleic Acids Research. Jeho článek nese název PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures.
PDBCharges je dostupný na https://pdbcharges.biodata.ceitec.cz/.
