Gromacs MetaDump byl v Journal of Cheminformatics
V časopise Journal of Cheminformatics byl publikován nástroj Gromacs MetaDump, který automaticky anotuje výstupní soubory z MD simulací GROMACS.
MOLEonline byl publikován v Bioinformatics
MOLEonline je interaktivní webový nástroj určený k detekci a analýze pórů a tunelů v proteinových strukturách. Nejnovější verze MOLEonline řeší omezení svého předchůdce integrací prohlížeče Mol* pro vizualizaci a nabízí zjednodušené, plně interaktivní uživatelské prostředí.
Mezi nové funkce patří obarvení tunelů ve 3D na základě jejich fyzikálně-chemických vlastností. Pomocí 2DProts se generuje 2D zobrazení struktury proteinu a vypočítaných tunelů. Nová verze MOLEonline udělala také další krok k využití FAIR principů: uživatelé nyní mohou tunely ukládat přímo ve formátu mmCIF, což usnadňuje jejich sdílení. Kromě toho mají možnost ukládat a načítat nastavení výpočtů, což zajišťuje reprodukovatelnost výsledků. Integrace s databází ChannelsDB 2.0 umožňuje uživatelům přístup k předem vypočítaným tunelům.
MOLEonline byl nedávno publikován v časopise Bioinformatics v článku MOLEonline: a web-based tool for analysing channels, tunnels, and pores (2025 update).
MOLEonline je volně dostupný na https://moleonline.cz/.
