PDBCharges byl publikován v článku
V časopise Nucleic Acids Research byl publikován nástroj PDBCharges, který poskytuje parciální atomové náboje pro proteinové struktury z Protein Data Bank.
αCharges a Mol*VS publikovány v NARu
V rámci Web Server issue časopisu Nuclear Acids Research jsou letos publikovány dva články, jejichž autory je výzkumná skupina Strukturní bioinformatika. První informuje o webovém serveru AlphaCharges (αCharges) Ondřeje Schindlera. Tato aplikace počítá parciální atomové náboje pro více než 200 milionů proteinových struktur v databázi AlphaFoldDB. Každý výpočet je rychle zpracován užitím metody SQE+qp. Výsledky lze stáhnout nebo zobrazit v našem prohlížeči Mol*. Plný text článku je volně k dispozici zde: αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality.
Druhý článek se zaměřuje na rozšíření hojně využívaného prohlížeče Mol*. David Sehnal a jeho tým vyvinuli Mol* Volumes and Segmentations (Mol*VS), který do Mol* přidává podporu pro interaktivní vizualizaci buněčných obrazových dat. Všechny záznamy komunitou uznávaných repozitářů EMDB a EMPIAR jsou připraveny pro vizualizaci ve webovém prohlížeči. Jak je Davidovým zvykem, vše je rychlé a šetří šířku pásma, což znamená, že uživatelé si mohou výsledky experimentů s elektronovou a světelnou mikroskopií prohlížet na svých chytrých telefonech. Celý text článku je volně k dispozici zde: Mol* Volumes and Segmentations: visualization and interpretation of cell imaging data alongside macromolecular structure data and biological annotations.
