Výzkumné skupiny

Vedoucí: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.

Vědecké zaměření

Náš výzkum se zaměřuje na analýzu 3D struktury proteinů, jejich fragmentů a celých proteinových rodin. Konkrétně se zabýváme vizualizací, validací, anotací, detekcí fragmentů a charakterizací proteinů a proteinových rodin. Vyvíjíme rovněž softwarové nástroje pro realizaci těchto typů analýz.

Hlavní cíle:

• Vizualizace 1D, 2D a 3D struktury
• Detekce proteinových kanálů a fragmentů
• Validace struktur
• Výpočet parciálních atomových nábojů
• Anotace struktury proteinů

Vedoucí: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Vědecké zaměření

Výzkum v laboratoři Sybila se zaměřuje na vývoj pokročilých metod a softwarových nástrojů pro modelování a analýzu komplexních přírodních procesů na úrovni buňky i populací. Modely využíváme k vysvětlení buněčných procesů a dále k návrhu jejich ovlivnění za daným účelem (léčba, biotechnologie).

Hlavní cíle:

• Inference a analýza biologických sítí
• Využití metod AI a ML pro syntézu modelů z dat
• Vývoj nástrojů pro zpracování a anotaci modelů
• Vývoj bioinformatických webových portálů

Vedoucí: prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.

Vědecké zaměření

Výzkum je zaměřen na strukturně-funkční studium proteinů, které se podílejí na syntéze oligosacharidů (glykosyltransferázy) a specifickém rozpoznávání sacharidů (lektiny). Důraz je kladen na proteiny obligátních a oportunních patogenů, které souvisejí s virulencí/patogenitou organismu, a na hledání nových lektinů se zajímavou specifitou vazby cukrů nebo biologickými vlastnostmi.

Hlavní cíle:

• Výzkum struktury lektinů a glykosyltransferáz, jejich interakcí se sacharidy a jejich vztahu k funkcím živých systémů, nemocem a terapii.
• Studium terapeutických aspektů rozpoznávání a adhezních jevů v interakcích mezi hostitelem a patogenem a v symbiózách. Testování nových léčiv na bázi sacharidů zaměřených proti adhezi a virulenci patogenu.