V rámci studia se lze zapojit i do výzkumu. Hlavními směry pro program Bioinformatika jsou Strukturní bioinformatika a drug design, Sekvenční bioinformatika a Výpočetní systémová biologie. Přidat se dá ale i k souvisejícím oblastem rozvíjených v rámci NCBR a FI.
Strukturní bioinformatika a drug design
Strukturní bioinformatika a drug design se zaměřuje na analýzu a modelování biomolekulárních struktur, studium jejich vlastností a interakcí.
Sekvenční bioinformatika
Sekvenční bioinformatika se věnuje zpracování a analýze sekvenčních dat, včetně genomů a transkriptomů, a využívá tyto znalosti k porozumění genetickým a evolučním procesům.
Výpočetní systémová biologie
Výpočetní systémová biologie integruje matematické modelování a simulace biologických systémů, čímž umožňuje studentům porozumět komplexním biologickým procesům na úrovni buněk, tkání a organismů.