V roce 2018 byla zveřejněna první verze naší databáze ChannelsDB. Nyní byla zveřejněna její druhá verze v článku ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era publikovaném v databázovém vydání časopisu Nucleic Acids Research. ChannelsDB 2.0 je výsledkem široké spolupráce mezi Univerzitou Palackého, Loschmidtovými laboratořemi, RECETOXem, Mezinárodním centrem klinického výzkumu Fakultní nemocnice u svaté Anny a výzkumnou skupinou Strukturní bioinformatika.
ChannelsDB 2.0 poskytuje stejně jako její předchůdce strukturní informace o poloze, geometrii a fyzikálně-chemických vlastnostech proteinových tunelů (tj. kanálů a pórů). Podporuje vstupní strukturní data nejen z Protein Data Bank, ale také z populární, ale obrovské AlphaFold DB. Kromě tunelů objevených nástrojem MOLE jsou nyní v databázi i tunely objevené nástrojem CAVER. A v neposlední řadě druhá verze ChannelsDB poskytuje tunely, které začínají od kofaktorů v rámci databáze AlphaFill. Proto není překvapením, že obsahuje přibližně 4,6krát více anotací kanálů než ChannelsDB 1.0.
Monika Čechová, absolventka a nově odborná asistentka na FI, v rozhovoru přibližuje své zkušenosti ze zahraničního výzkumu, co čeká budoucí studenty bioinformatiky i to, jak umělá inteligence proměňuje analýzu DNA.
Přemýšlíš o studiu bioinformatiky na MU? Přijď 2. dubna do kampusu v Bohunicích, kde se v rámci akce #PoznejNCBR dozvíš víc o novém programu Bioinformatika, výzkumných projektech i životě studentů. Čekají tě laboratoře, neformální setkání a občerstvení!
